Kontrolli i Lartë i Shtetit konstaton se Autoriteti Kombëtar i Ushqimit nuk arrin të garantojë sigurinë ushqimore në vend. Në raportin e auditimit të periudhës janar 2012 -dhjetor 2016 konstatohet se inspektorët nuk janë të shpërndarë sipas peshës që kanë rajonet, madje dhe se nuk kanë informacion për biznese e reja që janë licensuar. Pjesë e këtij raporti është edhe AKU Gjirokastër, për të cilën thuhet se sektori i inspektimit të operatorëve ushqimor me origjinë shtazore të rajonit të Gjirokastrës kanë ngarkesën më të ulët prej 44 subjektesh nga 75 mesatarisht në shkallë vendi.
Nëse konsiderohen të përafërta kushtet e tjera dhe shpërndarja e inspektorëve të bëhej mbi bazën e përqindjes së numrit të subjekteve të regjistruara sipas tre sektorëve të mësipërm, rezulton se në rajonin e Gjirokastrës ka 6 inspektorë, pothuajse 10 % e numrit gjithsej. Pra, ka më shumë inspektorë sesa ka nevojë. AKU nuk ka një numër të saktë të operatorëve të biznesit ushqimor në rajone të cilat janë objekt inspektimi, pasi ka shpërpjesëtime të theksuara midis rajoneve të këtij biznesi ndaj numrit gjithsej.
Kështu, në vitin 2015 nëse në DRAKU Gjirokastër, Kukës Berat e Dibër janë objekt inspektimi 25 – 31 % e subjekteve në totale, në Tiranë dhe në Durrës janë vetëm 9 – 10 % e tyre, për më tepër që në këto dy rajone zhvillohet afër gjysma e biznesit në Shqipëri. AKU nuk ka një përshtatje në numër dhe të profesioneve me origjinën e produkteve të importuara. Kështu, 6 zooteknikë (Durrës, Korçë, Gjirokastër, Kukës dhe Vlorë) duhet të inspektojnë mishin, gjënë e gjallë dhe produktet e tjera me origjinë shtazore; ose mësuesi i bio-kimisë apo të kimisë industriale duhet të inspektojnë mallrat e importuara joshtazore në Hanin e Hotit, Durrës, Vlorë dhe Kakavijë. Në AKU Gjirokastër janë 2 inspektorë për produktet me origjinë joshtazore, kur për numrin e praktikave që hyjnë në PIK Kakavijë duhet të jetë dyfishi i tyre, si dhe janë 3 veterinerë që kontrollojnë gjysmën e praktikave të mallrave me origjinë joshtazore.
Nga shqyrtimi i numrit të inspektimeve për inspektor në vitin 2016, konstatohet se ka diferenca të theksuara midis rajoneve. Nëse mesatarisht një inspektor i AKU ka kryer 176 inspektime (përafërsisht 1 inspektim çdo 2 ditë kalendarike), pesë inspektorë në rajone janë nën këtë mesatare, më e theksuar kjo në Gjirokastër (117), Vlorë (134) dhe Kukës (143). Pra, në një farë mënyrë inspektorët e AKU-së në Gjirokastër paguhen kot, marrin një pagë relativisht të lartë, por nuk e justifikojnë me punë.
Ka një numër të konsiderueshëm inspektorësh, profesioni i të cilëve nuk ka lidhje me fushën e sigurisë ushqimore që ata kanë objekt kontrolli: janë 15 inspektorë zooteknikë, madje edhe në sektorin OJSH (si Dibër, Fier, Gjirokastër, Tiranë) dhe atë të mbrojtjes së bimëve në rajonin e Gjirokastrës; në sektorin e mbrojtjes së bimëve janë inspektorë që kanë formim profesional për bio-kimi (2) në Dibër dhe Shkodër apo inxhinier pyjor në këtë sektor në Lezhë etj., duke ulur ndjeshëm cilësinë e inspektimeve dhe për pasojë nuk jep ndikimin e pritur në përmirësimin e sigurisë ushqimore në vend.
Nga ana tjetër edhe pse AKU ka raportuar një sërë kontrollesh dhe masash, KLSH nënvizon se subjektet e ndëshkuara me gjobë për periudhën 2012-2016 kanë paguar vullnetarisht një përqindje shumë të vogël që është mesatarisht rreth 5 % e vlerës, teksa theksohet se në rajone si Tirana dhe Vlora nuk paguhet asnjë gjobë vullnetarisht.
Gjithashtu KLSH tërheq vëmendjen për lëvizjen e shpejtë të drejtorëve dhe largime të paargumentuara nga puna. Nga proceset gjyqësore, këto lëvizje shkaktuan mbi 78 milion lekë dëm në buxhetin e shtetit.